В 1975 году окончил Ярославское театральное училище. Работал диктором Эстонского радио. С 1978 года - актер Нижегородского театра «Комедiя».
В золотой фонд Нижегородского телевидения вошли моноспектакли В. Маркотенко («Записки сумасшедшего», 1985; «Сказки для детей изрядного возраста» С.-Щедрин, 1996). В репертуаре актера программы на Нижегородском радио: «Мой дом – театр» (рассказы А.П. Чехова, 2002). Был постоянным участником цикла передач «Частная жизнь улиц и площадей» (ННТВ, 1998-2003 гг).
В декабря 2002 года Владимир Маркотенко был участником «Горьковского марафона» (цикл мероприятий, посвященных 100-летию пьесы М. Горького «На дне»). Его выступление в музее им. А.М. Горького в роли Барона получило высокую оценку Ученого совета музея.
Ушёл из жизни 15 июня 2016 года. театральные работы Хлестаков; Земляника - "Ревизор", Н.В.Гоголь (1980, реж. А.С.Крутов); Сганарель - "Лекарь поневоле", Ж.-Б.Мольер; Вральман - "Недоросль", Д.Фонвизин; Лыняев - "Волки и овцы", А.Н.Островский; Альфред Дулиттл - «Моя прекрасная Элиза», Б.Шоу; Барон - «На дне», М.Горький; Рукосуев, Угаров - «Провинциальные анекдоты», А.Вампилов; Аристах Доминикович - «Самоубийца», Н.Эрдман; Кармело - "Утешитель вдов", Дж.Маротта, Б.Рандоне; Царь Салтан - «Сказка о царе Салтане», А.С.Пушкин (1990, реж. В.Дубровский); Монахов - «Варвары», М.Горький (1996); Чебаков - «Амурные похождения Бальзаминовых», А.Н.Островский (1996); Соков - «Нехорошая квартира», М.Булгаков (1997); Давыдо - "Гусар из КГБ", Б.Рацер, В.Константинов (1997); Ллойд - «Голоса за сценой», М.Фейн (1997); Фрекен Розенблюм - «Ох, уж эта Пеппи!», А.Линдгрен (1997); Авдиев - «Чужие смешные печали», В.Ляпин (1998); Игорь - «Рождественское танго», Н.Птушкина (1998); Сеньор Капулетти - «Веронские любовники", Г.Горин (2000); Эгей - «Сон в летнюю ночь», У.Шекспир (2000); Доктор - «Дорога цветов», В.Катаев; Зубрицкий - «Дураки", Н.Саймон; Леонато - «Много шума из ничего», У.Шекспир; Малашкин - «Пущай смеются», М.Зощенко; Атаман - «Даешь Шекспира!», В.Белякович; Жеронт - «Школа влюбленных», Ж.-Б.Мольер; Мирон Ипатьич - «Невольницы», А.Н.Островский; Казимир Иосифович Борецкий - «Инь и Ян», Б.Акунин; Дон Лусио - "Куклы", В.Белякович; Арье Лейб - "Король Одессы", И.Бабель. призы и награды Премия фестиваля «Комедия на нижегородской сцене» за роль Лыняева в спектакле «Волки и овцы» (2000).
Лауреат премии Нижнего Новгорода (2001).
Приз Фестиваля им. Е. Евстигнеева в номинации «Комический талант» (2003).
роли в кино 2015 С Днём Победы! 2015 Запретная любовь 2010 Утомлённые солнцем 2: Предстояние :: эпизод