Родился 2 января 1936 года.
В 1939 году после смерти репрессированного отца Петра Меркурьева, Евгения и ещё троих братьев и сестёр усыновил дядя, брат отца, известный артист Василий Меркурьев.
В 1961 году Е.П.Меркурьев закончил Ленинградский государственный институт театра, музыки и кинематографии (ЛГИТМиК), класс профессора Б.В.Зона.
По окончании института он был направлен в театр Петропавловска-на-Камчатке, затем работал в ленинградских театрах - в Театре Юного Зрителя, в Театре драмы и комедии на Литейном (1971-1974), в Малом драматическом театре, в Молодёжном Театре на Фонтанке.
С февраля 1987 года - актер Ленинградского (Санкт-Петербургского) Театра драмы и комедии на Литейном.
Был занят в спектаклях "Гамлет", "Великая Екатерина", "Барышня-крестьянка", "Упырь", "Лес", "Вера, Надежда, Любовь (Карамболь)".
Последние годы активно снимался в кино: «Счастливые дни», «Каменская», «За всё надо платить», «Каменская-2», «Украденный сон», «Дикарка», «Женщина в игре без правил», «Три цвета любви», «Конвой PQ-17», «Сыщики», «Агентство НЛС», «Бандитский Петербург», «Я всё решу сама», «Мастер и Маргарита», «Полумгла».
Лауреат Государственной премии РФ в области литературы и искусства 1999 года — за спектакли Российского государственного академического театра драмы имени А.С.Пушкина (Александрийского) "P.S. капельмейстера Иоганеса Крейслера, его автора и их возлюбленной Юлии" (каденции на темы произведений В.А.Моцарта и Э.Т.А.Гофмана) и Государственного драматического театра на Литейном "Лес" по пьесе А.Н.Островского.
Заслуженный артист РФ (1996).
Народный артист РФ (2004).
22 марта 2007 года актёр последний раз вышел на сцену Театра на Литейном в премьерном спектакле по пьесе А.Н.Островского «Банкрот», где сыграл главную роль купца Большова.
Трагически погиб днём 27 марта 2007 года. На Ладожском озере в районе Приозёрска во время рыбалки актёр провалился под лёд. Спасти его не удалось. Похоронен Евгений Меркурьев 2 апреля на Смоленском кладбище Санкт-Петербурга.
роли в кино
2009 Братья Карамазовы :: старец Зосима
2008 Полторы комнаты, или Сентиментальное путешествие на Родину :: эпизод
2007 Преступление и наказание :: Мещанинов
2007 Поводырь :: Василий Матвеевич Белов
2007 Платки :: дядя Серёжа
2007 Пером и шпагой :: эпизод
2007 Опера-3. Хроники убойного отдела :: Багров
2007 Морские дьяволы - 2 :: Шац
2007 Ветка сирени | Lilacs :: дворник
2007 Варварины свадьбы :: эпизод
2006 Синдикат :: коллекционер
2006 Свой-чужой :: Павел Игнатьевич Костин
2006 Русские деньги :: эпизод
2006 Прииск :: Георгий Карабицин
2006 Двое из ларца :: Евгений Михайлович Арефьев
2005 Чертогон (короткометражный)
2005 Полумгла :: старик Северьяныч
2005 Одна тень на двоих :: дядя Саня
2005 Мастер и Маргарита :: счетовод
2005 Дети Ванюхина :: смотрящий :: главная роль
2005 Господа присяжные :: Набоков
2005 Вепрь :: Сорокин
2005 Большая прогулка :: председатель сельсовета
2005 Sказка O Sчастье :: Угрюмов
2004 Шахматист :: Семён
2004 Улицы разбитых фонарей-6 :: Гриншпун
2004 Сыщики-3 :: Курганов
2004 Пираты Эдельвейса | Edelweißpiraten (Германия, Люксембург, Нидерланды, Швейцария)
2004 Легенда о Тампуке :: вахтёр в больнице
2004 Конвой PQ-17 :: Дениц
2004 Иванов и Рабинович :: участковый
2004 Женщины в игре без правил (Беларусь, Россия) :: эпизод
2003 Я все решу сама - 2. Голос сердца :: отец Инны
2003 Я все решу сама - 1. Танцующая на волнах :: отец Инны
2003 Улицы разбитых фонарей-5 :: Манизер
2003 Удачи тебе, сыщик :: Юрий Петрович Лебедев
2003 Три цвета любви :: работник морга
2003 Танцор :: проводник
2003 Любовь императора :: эпизод
2003 Бандитский Петербург - 5 (Опер) :: "Косарь"
2002 Тайна Заборского омута :: Матюха
2002 Не делайте бисквиты в плохом настроении
2002 Каменская-2 :: Арсен
2002 Госпожа Победа
2001-2004 Чёрный ворон :: Кузин
2001 Тайны следствия - 1 :: Михалыч
2001 По имени Барон :: "Вица"
2001 Дикарка :: Сысой
2001 Агентство НЛС :: Семён
2000 Четырнадцать цветов радуги :: отшельник
2000 Текст, или Апология комментария
2000 Луной был полон сад :: эпизод
2000 Империя под ударом :: архивариус
2000 Бандитский Петербург - 2 (Адвокат) :: медэксперт
1999 Улицы разбитых фонарей-2 :: врач
1998-1999 Агент национальной безопасности - 1 :: Игнатий Ильич
1998 Улицы разбитых фонарей-1 :: грузчик на вокзале
1995 Черная вуаль :: эпизод
1993 Сенсация :: эпизод
1993 Барабаниада
1992 Комедия строгого режима :: зэк
1991 Счастливые дни
1991 Сократ :: стражник
1991 Жертва для императора1989 Посвященный :: эпизод
1986 Мост через жизнь :: эпизод
1984 Из жизни земского врача1982 Дом (фильм-спектакль) :: Калина Иванович
1981 20-е декабря :: Подвойский
озвучивание
1983 Гибель Аполлонии | Vrak (Болгария, Чехословакия)
участие в фильмах
2013 Василий Васильевич Меркурьев (документальный)