Англия, 1947 год. Очень пожилой джентльмен (Иэн МакКеллен) возвращается из короткой поездки по Японии и привозит с собой загадочную шкатулку. Он живёт в старинном кирпичном доме на берегу моря, с домохозяйкой (Лора Линни) и её сынишкой (Мило Паркер). У дома растёт красивый сад, в саду стоит пасека – он разводит пчёл. Пожилого джентльмена зовут Шерлок Холмс. Он нетороплив и трагичен, как и положено одинокому старику. У Холмса осталось только одно, самое последнее неудачное дело, которое не дает покоя вот уже тридцать лет. Дело о даме в сером, тоскующей о нерожденных детях и готовой убить себя или мужа. Беда в том, что старый Шерлок не помнит деталей. Не помнит даже причины, побудившей его после той неудачи отправить себя в изгнание. У него нет информации, нет логики, есть только боль и чувство вины.
«Мистер Холмс» стоит особняком от многочисленных стройных рядов киношной шерлокианы. Ведь главная черта ее героя – способность разгадывать загадки, а загадка всегда устремлена вперёд, за ней скрывается будущее. Но «Мистер Холмс» не смотрит в будущее. Он оглядывается в многослойное прошлое, отделяя себя как личность от персонажа, описанного в книгах и показанного в фильмах. Он ищет ответ на самый сложный вопрос: что остается от сказки потом? Потом, когда её уже рассказали, и ещё раз - после «потом», когда жизнь прожита, друзья и родные похоронены, а блестящий ум начинает сдавать, обнажая сначала крошечные, а потом крупные провалы в памяти. Чёрные дыры, в которых так легко и страшно исчезнуть.