Юная Алиса (
Миа Васиковска) - капитан торгового парусника. После долгого плавания и опасных приключений она возвращается в викторианский Лондон и узнаёт, что её пожилой покровитель, друг отца, умер, а его сын пригрел к рукам ее парусник, обменяв на заложенный мамой Алисы дом. Вместо капитанского мостика девушке предложена приличествующая барышне работа в конторе. Пребывая в гневе от такой несправедливости, она внезапно обнаруживает новый проход в свою сказочную страну, на этот раз - сквозь зеркало. В Зазеркалье всё по-прежнему волшебно, не считая ужасно захворавшего Шляпника (
Джонни Депп), тоскующего по погибшей семье. Спасая друга, Алиса проходит череду невероятных приключений, знакомится со Временем (
Саша Барон Коэн), чуть не рушит весь мир, но, в конце концов, восстанавливает гармонию.
Диснеевская экранизация второй книги Льюиса Кэрролла построена ровно так же, как и первый фильм: сохраняется концептуальный смысл произведения, образы и характеры, а также параллель между реальностью и сказкой, «зеркалящими» друг друга, однако литературные герои помещаются в совершенно новый сюжет. При этом второй фильм сильно выигрывает у старшего брата, ведь зеркальность заложена уже в его названии. Алиса - творец волшебного мира (недаром остальные постоянно обращаются к ней за помощью), но она об этом не знает и не использует функцию власти, которая делегирована королям, королевам и Времени. Алиса - скромный герой, честно пытающийся разобраться в происходящем, пройти незнакомые лабиринты и получить сокровенные смыслы. Болеющий Шляпник - её сказочное альтер-эго, зеркальный близнец, переживающий ту же утрату, что и она в реальной жизни: помогая ему, она помогает себе самой.