1926-й год, Нью-Йорк. В город прибывает молодой английский магозоолог Ньют Саламандер (Эдди Рейдмэйн), изучающий и сохраняющий волшебных существ. Некоторые из них ухитряются удрать из-под его надзора, что грозит и их жизни, и анонимности магического сообщества. Больше того, в Нью-Йорке уже появилась общественная организация «Второй Салем», грозящая чародеям смертью. Чиновники МАКУСА (Магический Конгресс Управления по Северной Америке) так обеспокоены нарастающим противостоянием магов и не-магов, что не разрешают волшебникам выращивать фантастических животных, и сами их уничтожают, следя за соблюдением Закона о Секретности. Одновременно с этим по улицам города то и дело проносится разрушительный смерч явно волшебной природы. Ньюту и его питомцам предстоит пройти прямо сквозь эпицентр этих бурных событий.