80-е годы прошлого столетия. Мальчик Каллум, увлекающийся велосипедным экстримом, становится свидетелем убийства матери собственным отцом, и это наложило на него такой сильный отпечаток, что в конце концов он, будучи уже довольно взрослым, сам оказывается в камере смертников. Мало того, его даже казнили.
Впрочем, казнь Каллума Линча (Майкл Фассбендер) оказалась спектаклем, поскольку им заинтересовалась загадочная компания «Абстерго Индастриз», являющаяся прикрытием тамплиеров. Им срочно понадобилось его ДНК, ведь он - потомок славного ассасина Агилара де Нерха, которому принадлежала «Частица Эдема» - артефакт, доставшийся человечеству по наследству от некой древней цивилизации. И теперь при помощи навороченного аппарата «Анимус» и талантливого учёного Софии Риккин (Марион Котийяр) несчастного Линча собираются отправить по генетической памяти в далёкую Испанию 15-го века. Даже несмотря на то, что ассасины с древних времён враждуют с тамплиерами...