Родилась 1 (14) марта 1908 года на Алтае, в селе Пушталим. Получив семилетнее образование в Бийске, поступила в Томский библиотечный техникум: после его окончания в 1939 году работала ликвидатором неграмотности и избачом в селе Излап (Алтайский край).
В течение ряда лет М.Л. Халфина преподавала библиотечное дело в Томской краевой совпартшколе и в Томском библиотечном техникуме.
В 1962 году в газете «Комсомольская правда» появился рассказ Марии Халфиной «Два слепых сердца», вызвавший множество читательских откликов. И хотя стихи и рассказы М.Л. Халфиной печатались задолго до этого в журнале «Крестьянка» и в местных газетах, писательница считает началом своей профессиональной деятельности публикацию в «Комсомольской правде».
В 1966 году Мария Халфина была принята в Союз писателей СССР. Её книги неоднократно издавались в Москве и Новосибирске; по её повести «Мачеха» студией «Мосфильм» в 1973 году был выпущен одноимённый художественный фильм.
24 ноября 1988 года Мария Леонтьевна Халфина умерла в Томске. Похоронена на Бактинском кладбище.