Родился 9 июня 1950 года в городе Кировабаде, Азербайджанская ССР. С 1967 года работал корреспондентом в газете "Московский комсомолец", с 1972 по 1980 год — ведущим рубрики "Алый парус" в газете "Комсомольская правда". В 1975 году Щекочихин окончил факультет журналистики МГУ имени Ломоносова. С 1980 по июль 1996 год он занимал должность редактора отдела расследований "Литературной газеты". Занимался вопросами подростковой преступности, одним из первых в СССР обратил внимание общественности на существование организованной преступности в стране. Автор статей, пьес и киносценариев, посвященных проблемам подростков.
С июля 1996 года стал заместителем главного редактора "Новой газеты". Вёл журналистские расследования и публиковал острые статьи по данным вопросам.
Скоропостижно скончался при невыясненных обстоятельствах 3 июля 2003 года в Москве. призы и награды — Медаль «Защитнику свободной России». — Медаль «В память 850-летия Москвы».
