Попугаи Голубчик и Жемчужинка растят троих детей в городе нескончаемой пляски и веселья — Рио-де-Жанейро. Когда же в джунглях Амазонии обнаруживаются представители почти вымершего вида Голубой Ара, пернатые отправляются на поиски сородичей и тут же сталкиваются с чередой опасностей. С одной стороны по их следу идёт обломавший ещё в конце первой части крылья неприятный какаду Найджел, с другой промышляющий в джунглях отряд браконьеров, вырубающий деревья в промышленных масштабах. Попугаи точат клювы, грядёт большая битва…
«Рио 2» — зеркальная копия «Птиц» Хичкока: здесь люди (за исключением орнитологов Тулио и Линды) выступают агрессорами, и разговор с ними в конечном счёте сведётся только к одному: двуногий крылатого не поймёт. В этой ситуации птицам приходится переходить к активным действиям. Запах напалма, как известно, приятен по утру.