Родился 2 июня 1958 года в с. Новочаново Барабинского района Новосибирской области. Начинал в любительских театрах. И работал весьма успешно. В 1987 году он создал свой профессиональный театр-студию, в него вошли выпускники Новосибирского театрального училища. Лучшая постановка Афанасьева того времени - "Картотека" Т. Ружевича (режиссер стал лауреатом фестиваля польской драматургии в 1989 году). В 1991-м Сергей Афанасьев снимает фильм "Стерва", в 1995-м создает Методический центр любительских театров при мэрии Новосибирска. Неоднократный победитель городских и зональных театральных смотров, режиссер представляет лучший спектакль своего репертуара (в котором есть и У. Шекспир, и Л. Толстой, и А. Вампилов, и Ф. Кроммелинк, и Д. Хармс.) - чеховского "Дядю Ваню".
участие в фильмах 1996 Сны Гамлета (документальный)