Мальчик Кубо живет без отца и ухаживает за почти лишившейся рассудка матерью. В моменты просветления мама рассказывает сыну сказки про славного героя, самурая, а мальчик затем в городе на базарной площади показывает представления с участием фигурок оригами. И эта странная жизнь кажется почти нормальной, пока однажды, нарушив материнский запрет, он не задерживается в городе до темноты.
Происходит страшное. За Кубо приходят две злобные фурии: они готовы уже утащить мальчика в свое царство, но на помощь является мать, которая также оказывается существом волшебным и могущественным. Увы, зло невозможно остановить вовсе: теперь, чтобы спастись, мальчику нужно совершить трудное путешествие в компании строгой обезьяны и огромного жука-самурая, который не помнит своего прошлого. В этом путешествии Кубо предстоит собрать по частям самурайские доспехи, сразиться с лунным драконом, познакомиться со своим дедом, совершить плаванье на корабле из листьев, победить в схватке с огромным скелетом и пережить много других приключений, которые не по плечу маленькому мальчику, чтобы обрести недетскую мудрость.
