1640 год. Португальские иезуиты несколько лет получают письма от отца Феррейры (Лиам Нисон), который описывает ужасы гонений на христиан в Японии, а следом голландские купцы сообщают, что Феррейра отрекся от католичества и поселился среди обидчиков. Двое его учеников - святые отцы Родригес (Эндрю Гарфилд) и Гарупе (Адам Драйвер) - отправляются в Страну восходящего солнца, чтобы убедиться в отступничестве наставника и продолжить миссионерскую миссию по христианизации Японии.
К 1640-му уже почти полвека шла борьба японских властей с западной верой, которую поначалу принимали доброжелательно и охотно (первая проповедь в Кагосиме прозвучала в 1549-м). Японский католик Сюсаку Эндо, написавший «Молчание» по мотивам тщательно собранных свидетельств, как раз и пытается понять, что же вообще случилось, почему в 1597-м на холмах Нагасаки распяли 26 мучеников, а христианство в итоге в Японии не очень-то и прижилось (хотя его и не удалось искоренить окончательно).
