Родился 13 мая (по новому стилю — 26 мая) 1907 года на разъезде Тарышта (ныне Чановский район, Новосибирской области) в семье железнодорожника. В 9 лет остался сиротой. Бродяжничал, затем воспитывался в интернате . С 1921 работал строительным рабочим на Сибирской железной дороге.
В 1926 добровольцем вступил в РККА . Окончил Ленинградскую военно-теоретическую школу ВВС, а в 1928 — Качинскую военную авиационную школу лётчиков. Служил лётчиком-истребителем в строевых частях ВВС.
В 1931—1934 — лётчик-испытатель Научно-испытательного института ВВС (НИИ ВВС), провёл ряд испытательных работ на самолётах-истребителях, участвовал в отработке методов «слепых» полётов и посадок. С 1934 учился на инженерном факультете Военно-воздушной академии имени Н. Е. Жуковского. В начале августа 1935 в составе экипажа С. А. Леваневского участвовал в попытке трансарктического перелёта на самолёте АНТ-25, прерванного из-за технических неполадок. После этого продолжил дальнейшие испытания АНТ-25.
20—22 июля 1936 года на самолёте АНТ-25 в качестве второго пилота (командир — В. П. Чкалов, штурман — А. В. Беляков) совершил беспосадочный перелёт из Москвы через Северный Ледовитый океан, Петропавловск-Камчатский на остров Удд (ныне — остров Чкалова в устье Амура) протяжённостью 9.374 км (полётное время 56 ч. 20 мин).
За мужество и героизм, проявленные при выполнении этого перелёта, Байдукову Георгию Филипповичу 24 июля 1936 года присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина.
18—20 июня 1937 года на самолёте АНТ-25 в составе того же экипажа совершил беспосадочный перелёт Москва — Северный полюс — Ванкувер (штат Вашингтон , США) протяжённостью 8 504 км.
С 1937 — снова лётчик-испытатель, испытывал серийные бомбардировщики СБ и Пе-2, принимал участие в испытаниях самолёта ДБ-А. 14 мая 1937 года вместе со вторым пилотом Н. Г. Кастанаевым на самолёте ДБ-А установил мировой авиационный рекорд скорости полёта на 2000-км в замкнутом маршруте с грузом 5000 кг, равный 280,246 км/ч.
Участвовал в советско-финской войне в составе 85-го бомбардировочного авиационного полка.
С началом Великой Отечественной войны был направлен в командировку в США по вопросу приобретения американских самолётов.
С января 1942 — в действующей армии: заместитель командира 31-й смешанной авиационной дивизии (Калининский фронт), командующий ВВС 4-й ударной армии, командир 212-й (с мая 1943 — 4-й гвардейской) штурмовой авиационной дивизии. С января 1944 — командир штурмового авиационного корпуса. Участвовал в освобождении Киева, Белоруссии, в Восточно-Прусской операции, освобождении Гданьска, форсировании Одера.
* Генерал-майор авиации (17.03.1943).
* Генерал-лейтенант авиации (19.08.1944).
После войны — на командных должностях в ВВС. В 1947—1949 — начальник Главного Управления Гражданского Воздушного Флота . В 1949 — 1952 — заместитель начальника НИИ ВВС по лётной части. В 1951 окончил Военную академию Генштаба. С 1952 — заместитель, 1-й заместитель начальника Главного штаба Войск ПВО страны по специальной технике. В 1957—1972 — начальник 4-го Главного Управления Министерства обороны СССР, член Военного совета Войск ПВО страны. С 1972 — научный консультант главнокомандующего Войсками ПВО страны. C 1988 генерал-полковник авиации Г. Ф. Байдуков — в отставке.
Жил в Москве. Член Союза писателей. Депутат Верховного Совета 1-го созыва (1937—1946 гг.) Умер 28 декабря 1994 года. Похоронен в Москве, на Новодевичьем кладбище.
Сценарист
1941 Валерий Чкалов
